新的CRISPR平台扩展了RNA编辑能力

基于CRISPR的工具彻底改变了我们靶向疾病相关基因突变的能力。CRISPR技术包括一个不断增长的工具家族,这些工具可以操纵基因及其表达,包括通过使用Cas9和Cas12酶靶向DNA以及使用Cas13酶靶向RNA。该集合提供了应对突变的不同策略。

针对相对短暂的RNA中与疾病相关的突变,可以避免对基因组进行永久性改变。此外,某些细胞类型(例如神经元)难以使用CRISPR / Cas9介导的编辑方式进行编辑,因此需要新的策略来治疗影响大脑的破坏性疾病。

麦戈文研究所研究员和麻省理工学院广泛研究所以及哈佛大学的核心成员张峰及其团队现在已经开发了一种这样的策略,称为RESCUE(针对U交换的特定C的RNA编辑),在《科学》杂志上有描述。

Zhang和他的团队,包括第一作者Omar Abudayyeh和Jonathan Gootenberg(现为McGovern研究员),利用失活的Cas13指导RESCUE靶向RNA转录本上的靶向胞嘧啶碱基,并使用一种新型的,进化的,可编程的酶进行转化不需要的胞嘧啶变成尿苷-从而指导RNA指令的变化。RESCUE建立在REPAIR的基础上,该技术由Zhang的团队开发,可将RNA中的腺嘌呤碱基转变为肌苷。

RESCUE大大扩展了CRISPR工具可以针对的领域,包括蛋白质中的可修饰位置,例如磷酸化位点。这些位点充当蛋白质活性的开/关开关,尤其是在信号分子和癌症相关途径中发现。

为了治疗引起疾病的遗传变化的多样性,我们需要一系列精确的技术供您选择。通过开发这种新酶并将其与CRISPR的可编程性和精确度相结合,我们能够填补工具箱中的一个关键空白。麻省理工学院神经科学教授Zhang,James和Patricia Poitras说道。张在麻省理工学院的脑与认知科学和生物工程系任职。

将RNA编辑的范围扩大到新靶标

先前开发的REPAIR平台使用靶向RNA的CRISPR / Cas13将RNA编辑器ADAR2的活性结构域导向特定的RNA转录本,在该转录本中它可以将核苷酸碱基的腺嘌呤转化为肌苷,或将字母A转化为I.Zhang和同事REPAIR融合蛋白并在实验室中进行了进化,直到可以将胞嘧啶变为尿苷,或从C变为U。

可以将RESCUE引导至选择的任何RNA,然后通过平台的进化ADAR2组件执行从C到U的编辑。研究小组将这个新平台带入了人类细胞,表明它们可以靶向细胞中的天然RNA以及合成RNA中的24种临床相关突变。然后,他们进一步优化了RESCUE,以减少脱靶编辑,同时最大限度地减少脱靶编辑。

即将出现的新目标

通过RESCUE扩大靶向范围意味着通过翻译后修饰(例如磷酸化,糖基化和甲基化)调节许多蛋白质的活性和功能的位点现在可以更容易地靶向编辑。

RNA编辑的主要优点是其可逆性,这与DNA级别的永久变化相反。因此,在可能需要临时修改而不是永久修改的情况下,可以临时部署RESCUE。为了证明这一点,研究小组表明,在人类细胞中,RESCUE可以靶向编码-catenin的RNA中的β特定位点,已知该位点在蛋白质产品上被磷酸化,从而导致-catenin活化和β细胞生长的暂时增加。如果将这种改变永久化,则可能使细胞易于不受控制地生长并致癌,但是通过使用RESCUE,瞬时细胞生长可能会刺激急性损伤,从而促进伤口愈合。

研究人员还针对了一种致病基因变体APOE4。APOE4等位基因一直作为迟发性阿尔茨海默氏病发展的遗传危险因素而出现。异构体APOE4与APOE2的区别(不是危险因素)只有两个差异(APOE4中的C与APOE2中的U)。Zhang及其同事将风险相关的APOE4 RNA引入细胞,并显示RESCUE可以将其签名Cs转换为APOE2序列,从本质上将风险转换为非风险变体。

为了促进将RESCUE推向临床的更多工作,并使研究人员能够使用RESCUE作为更好地了解致病突变的工具,Zhang实验室计划广泛共享RESCUE系统,因为他们已经使用了以前开发的CRISPR工具。该技术将通过非营利性质粒储存库Addgene免费提供给学术研究。

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