健康教育网PET-CT临床应用的主要不足之处是示踪剂，18F-FDG不是肿瘤特异性示踪剂。因为炎症细胞、肉芽肿组织都可以摄取18F-FDG，所以在部分病例中，如果单纯用PET鉴别良恶性，就会出现假阳性。
PET-CT临床另一个不足是基于其成像原理，PET的分辨率和灵敏度比一般的核医学方法高得多，但本质上，PET依然是低数据量、低分辨率的成像方法。PET分辨率不足，不能显示太小的病灶，或者受到部分容积效应的影响，可以引起假阴性结果。
示踪剂的体内分布有明显的组织特异性，这方面是PET诊断的基础，另一方面也是PET病灶周围的解剖结构有差异，图像缺乏解剖参照。因此，有时PET图像很难理解，很难被临床医生接受。
与CT、MRI相比，PET-CT的优势很明显，但PET-CT能否被临床认可，发挥其独特的优势，是PET-CT工作人员在自己的工作中与临床、其他影像技术结合的程度，然后为临床提供信息，
全身PET-CT检查价格相对较高，但其诊断假阳性率和假阴性率下降，有利于正确分期，有助于选择个性化合理的治疗方案。早期评价疗效，让患者及时改变治疗方案，避免不必要的毒副作用发生的残留和复发，准确识别转移等，有助于避免进一步的检查和手术探查，节约成本。
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